1、二者具有共同的理念
综合运输与物流的发展都是建立在系统思想指导之上的。综合运输强调各种运输方式的优势互补、分工合作，共同发展成一个优化的运输系统。而物流则是由各种功能、各种资源组成的一个复杂系统。
2、二者的发展都为对方创造了条件
运输是物流最基本、最重要的功能之一，现代物流是建立在现代发达的综合运输基础之上的。因而，综合运输的发展必将促进物流的发展。另一方面，物流的发展也可以使综合运输从中发现新的机会，找到新的利润增长点和发展切入点。 综合运输与物流的主要区别：
1、内涵上的区别
运输在本质上强调的是面向“任务”，即运输任务；面向“单一客户”，它追求的是准时、完好、经济的完成客户每一次交给的运输任务。而物流更多的是面向“流程”，即企业业务流程，它要求的是物品持续无间断、快速流动并保持与采购、生产、销售节拍的高度同步性。
2、二者发展的主要动力不同
由于交通运输是国家和社会经济的基础设施，基于使运输推动社会经济发展的迫切要求和运输资源的优化配置考虑，各级政府就成为综合运输发展的主要推动者。而物流发展的主要动力则是企业基于提升自身竞争力的愿望。通俗的讲，前者发展的主要对动力来自“官方”，后者则来自于“民间”。
3、二者发展的目标不同
综合运输的发展目标是为了适应社会经济发展对交通领域提出的新要求而出现的以提供安全、快捷和高质量的交通服务为目标。物流的发展目标是更好的融入供应链，促进物品无间断、快速流动并保持与采购、生产、销售节拍的高度同步。当然，目标不同，发展的思路和方法就不同。
4、二者发展的方向不同
综合运输发展追求的是现代五种基本运输方式之间高度的一体化，使运输对象（货物或旅客）实现“无缝式”的空间位移。而物流的发展追求的则是供应链上所有主体间（包括企业、其他组织和个人），供应、生产、销售各环节内部以及它们之间的高度一体化和柔性化。

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